宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰......

供职于西德艾斯勒纪念医院的日本人天马贤三被人称作“天才医生”，他的外科技术精湛，为人谦和，受到同事的羡慕和医患的敬仰。事业上，天马前途一片光明，为院长所看好；爱情上，院长的女儿爱娃与之相恋，如胶似漆。......

小学生静儿、大雄、强夫和胖子技安是四个最亲密的伙伴，说是亲密伙伴，是因为他们四个经常在一起玩，但强夫和胖子技安经常欺负大雄。而大雄天生就是被人欺负的对象，他胆小内向，经常被强夫和技安欺负得大哭着跑回家......

连续的破坏活动出现在东京湾附近。城南署的刑事久住及秦负责此案的调查工作。调查中，秦认识了担任大学讲师的冴子，并渐渐地对她产生了好感。之后，秦与久住在东京湾上的储备基地遭遇了将人类一个个吞噬的异型怪物，原以为这个怪物就是连续袭击事件的真正凶手，没想到怪物遗留于现场的肉块，却让整个事件产生了翻天覆地的大转变，事件的内幕波及到了警视厅、防卫厅及特车二课，甚至还发现了秦所不知道的冴子的另一面。光明下是令人...