名侦探柯南真人版再次复活！不过这次上场的是变身为柯南前三个月的工藤新一的故事。爱好推理的高中生工藤新一（沟端淳平饰）和其青梅竹马毛利兰（忽那汐里饰）一直过着紧张又不失甜蜜的生活。这天，新一却收到了疑似来自他的粉丝的挑战书，这个挑战书的背后是多个案件组成的连环推理，一环套一环，如同闯关游戏。新一、小兰、小兰的爸爸毛利小五郎（阵内孝则饰）在一个密闭的房间里苏醒，等待他们的将是乌云密布的案件和处处有...

在青梅竹马小兰（忽那汐里饰）的鼓动下，工藤新一（溝端淳平饰）半推半就乘上飞往京都的飞机，去观摩正在那里拍摄时代剧的毛利小五郎（陈内孝则饰）的表演。飞行途中，名叫大鹰和洋（波冈一喜饰）的摄影师陈尸洗手间，引起乘务组的恐慌。工藤新一就在1万英尺的高空展开推理。好不容易来到京都摄影所，针对男主角樱庭（中村俊介饰）的谋杀预告传来，不久更有一名女演员遇害。新一和对手服部平次（松坂桃李饰）展开竞技般的推理……...