《黑客帝国动画版》由9段以《黑客帝国》系列电影世界观为基础生发出的短片组成，各篇的角度与风格各异，制作班底汇聚了日本、美国、韩国三地的动画精英。《机器复兴》讲述了MATRIX的历史。机器人不堪人类恶劣对待，终于反抗并将人类化为能源。《少年故事》讲述一名少年突然收到来自网络的召唤，而大批黑衣人开始对他展开围捕。《虚拟程序》展示了一对男女在虚拟训练程序中的片断。《世界纪录》描写一位短跑运动员在接近突破...

日本。　　伊豆沖を進む賭博船で、襲撃された鉄竜会の組長を救ったのは、若き用心棒・石川五ェ門だった。だが直後に大爆発が起こり船が大破。組長も命を落とす。爆発の原因は斧を武器に使う大男だった。一旦は男を追いつめた五ェ門だったが逃げられてしまう。一方、賭博船から金を奪うことに成功したルパン三世と次元大介、峰不二子は、洋上のボートからその様子を目撃する。　　“バミューダの亡霊”　　―大男はそう呼ばれていた...